Город нуждается в героях. Тьма окутала Нью-Йорк в виде Шреддера и его зловещего Клана Футов, у которого имеется железный контроль над всеми, от полицейских до политиков. Будущее выглядит мрачным, пока из канализации не поднимается и не раскрывает своё предназначение четвёрка отверженных братьев — Черепашки-ниндзя. Черепашки должны работать вместе с бесстрашным репортёром Эйприл и её саркастическим оператором Верном Фенвиком, чтобы спасти город и разгадать дьявольский план Шреддера.
Всего лишь за один день невероятное «нашествие» смерчей практически уничтожило городок Сильверстон. Все его жители были отданы на растерзание непредсказуемым и смертельно опасным торнадо, и при этом метеорологи говорят, что худшее еще впереди. Большинство ищут убежища, в то время как немногие смельчаки идут навстречу стихии, испытывая себя: насколько далеко сможет зайти «охотник за торнадо» ради одного единственного — зато какого! — снимка.