OpenWorm — международный проект по созданию компьютерной модели червя
- понедельник, 8 декабря 2014 г. в 02:11:08
habrahabr
http://habrahabr.ru/post/208036/
OpenWorm — попытка построить полную симуляцию червя, состоящего из 302 нервных клеток и 95 мышечных.
Проект стартовал в начале 2011 года и в настоящее время продолжает свое существование с помощью сотрудничества ученых и программистов из США, России и Европы. Все усилия рассматриваются как первый шаг на пути к имитации больших биологических систем. Для построения модели взят червь C. elegans.
Биология червя C. elegans
Caenorhabditis elegans, как правило, сокращенно C. elegans, является свободноживущей нематодой(круглый червь) длинной около 1мм. C. elegans является один из самых простых организмов с нервной системой. Червь живет в умеренных условиях почвы и питается бактериями. Исследования этого вида в молекулярной биологии и биологии развития начались в 1974 работами Сиднея Бреннера. Широко используется как модельный организм в исследованиях по генетике, нейрофизиологии, биологии развития, вычислительной биологии.
Проект OpenWorm
OpenWorm рассматривается не просто как модель, а как первая искусственная форма жизни. Цель состоит в том, чтобы создать полную, биологически реалистичную эмуляцию червя, от генов к поведению путем построения модели тела, нервной системы, а также окружения червя. Мотивацией проекта является то, что только путем воссоздания организма он может быть понят. C. elegans был выбрана потому, что он является одним из самых маленьких и наиболее изученных животных в биологии. Если проект будет иметь успех, в будущем можно будет имитировать более сложные формы жизни. На 2014 год были созданы модели нейронного коннектома и мышечных клеток. На сайте проекта доступен трехмерный интерактивный анатомический атлас червя. Участники проекта OpenWorm также развивают платформу geppetto, предназначенную для моделирования целых организмов.
OpenWorm — попытка построить полную симуляцию червя, состоящего из 302 нервных клеток и 95 мышечных.
Проект стартовал в начале 2011 года и в настоящее время продолжает свое существование с помощью сотрудничества ученых и программистов из США, России и Европы. Все усилия рассматриваются как первый шаг на пути к имитации больших биологических систем. Для построения модели взят червь C. elegans.
Биология червя C. elegans
Caenorhabditis elegans, как правило, сокращенно C. elegans, является свободноживущей нематодой(круглый червь) длинной около 1мм. C. elegans является один из самых простых организмов с нервной системой. Червь живет в умеренных условиях почвы и питается бактериями. Исследования этого вида в молекулярной биологии и биологии развития начались в 1974 работами Сиднея Бреннера. Широко используется как модельный организм в исследованиях по генетике, нейрофизиологии, биологии развития, вычислительной биологии.
Проект OpenWorm
OpenWorm рассматривается не просто как модель, а как первая искусственная форма жизни. Цель состоит в том, чтобы создать полную, биологически реалистичную эмуляцию червя, от генов к поведению путем построения модели тела, нервной системы, а также окружения червя. Мотивацией проекта является то, что только путем воссоздания организма он может быть понят. C. elegans был выбрана потому, что он является одним из самых маленьких и наиболее изученных животных в биологии. Если проект будет иметь успех, в будущем можно будет имитировать более сложные формы жизни. На 2014 год были созданы модели нейронного коннектома и мышечных клеток. На сайте проекта доступен трехмерный интерактивный анатомический атлас червя. Участники проекта OpenWorm также развивают платформу geppetto, предназначенную для моделирования целых организмов.